השימוש במיקרוסקופים

כאשר משתמשים במקורות אור טבעיים לבדיקת מראה, עדיף להשתמש במקור אור הפונה צפונה ולא באור שמש ישיר; כאשר משתמשים במקורות אור מלאכותיים, רצוי להשתמש במקור האור של מנורת פלורסנט.
במהלך הבדיקה המיקרוסקופית, הגוף צריך להיות פונה לפלטפורמת ההתמחות ביציבה זקופה, כששתי העיניים פקוחות באופן טבעי. העין השמאלית צריכה להתבונן בדגימה, בעוד שהעין הימנית צריכה להתבונן, להקליט ולצייר. במקביל, יד שמאל צריכה להתאים את המיקוד כדי להפוך את האובייקט לנקות ולהזיז את שדה הראייה של הדגימה. הקלט וצייר ביד ימין.
במהלך בדיקה מיקרוסקופית אין להטות את הבמה מכיוון שכאשר הבמה מוטה, נוזל או שמן עלולים לזרום בקלות החוצה, לפגוע בדגימה, לזהם את הבמה ולהשפיע על תוצאות הבדיקה.
במהלך בדיקה מיקרוסקופית יש להזיז את הדגימה לכיוון מסוים עד לצפייה בכל הדגימה, כדי לא לפספס או לחזור על הבדיקה.
האור הכבד של המיקרוסקופ מתמקד באור, בהמרה של עדשת האובייקטיב והתאמת האור. בעת התבוננות בדגימות טפיליות, ויסות האור הוא קריטי. מכיוון שהדגימות שנצפו, כמו ביצי חרקים, ציסטות וכו', הן כולן עצמים במצב אור טבעי, בגודל, צבע, עומק ואור, חלקן חסרות צבע ושקופות, בעוד שלעדשות בהגדלה נמוכה וגבוהה יש יותר מעברים. לכן, יש צורך להתאים את אורך המוקד והאור בכל עת על פי דגימות ודרישות שונות במהלך בדיקה מיקרוסקופית, כדי להבהיר את האובייקט הנצפה. באופן כללי, דגימות מוכתמות צריכות להיות עם אור חזק, בעוד שדגימות חסרות צבע או לא מוכתמות צריכות להיות עם אור חלש; האור צריך להיות חלש בעת התבוננות בעדשה בהגדלה נמוכה, וחזק בעת תצפית בעדשה בהגדלה גבוהה.