סיווג מיקרוסקופים ביולוגיים

1. מסווג לפי רמת מיצוב. ניתן לחלק אותו למיקרוסקופים ביולוגיים ברמת תלמיד, ברמת ניסוי ורמת מחקר.
2. מסווג לפי מספר העיניות. ניתן לחלק אותו למיקרוסקופים ביולוגיים חד-קולריים, דו-עיניים ותלת-קולריים.
3. מסווג לפי המיקום היחסי של העינית והתחנה הניידת. ניתן לחלק אותו למיקרוסקופ ביולוגי זקוף ומיקרוסקופ ביולוגי הפוך. המטרה של מיקרוסקופ ביולוגי זקוף (קונבנציונלי) ממוקמת מעל השלב הנע, בעוד שהמטרה של מיקרוסקופ ביולוגי הפוך ממוקמת מתחת לשלב הנע.
4. סיווג לפי עקרונות הדמיה. ניתן לחלק אותו למיקרוסקופים ביולוגיים אופטיים ולמיקרוסקופים ביולוגיים אלקטרונים.
המיקרוסקופ האופטי מורכב בעיקר מעינית, אובייקטיבי, במה ומחזירה (אספן). הן עדשות העינית והן עדשות האובייקטיב הן עדשות קמורות בעלות אורכי מוקד שונים. אורך המוקד של העדשה הקמורה של המטרה קטן מזה של העדשה הקמורה של העינית. עדשת האובייקטיבית מקבילה לעדשת מקרן, שדרכה אובייקט יוצר תמונה אמיתית הפוכה ומוגדלת. העינית מקבילה לזכוכית מגדלת רגילה, ותמונה אמיתית זו הופכת לאחר מכן לתמונה וירטואלית זקופה ומוגדלת דרך העינית. עצמים המגיעים לעין האנושית דרך מיקרוסקופ הם תמונות וירטואליות מוגדלות הפוכה.
מיקרוסקופ אלקטרוני מבוסס על העיקרון של אופטיקה אלקטרונית, באמצעות קרני אלקטרונים ועדשות במקום קרני אור ועדשות אופטיות כדי לצלם את המבנים העדינים של החומר בהגדלה גבוהה מאוד. בשל העובדה שאורך הגל של קרן האלקטרונים קטן בהרבה מזה של האור הנראה, גם אם זווית החרוט של קרן האלקטרונים היא רק 1% מזו של מיקרוסקופ אופטי, הרזולוציה של מיקרוסקופ האלקטרונים עדיין טובה בהרבה. מזה של מיקרוסקופ אופטי. ההגדלה המקסימלית של מיקרוסקופ אופטי היא בערך פי 2000, בעוד שלמיקרוסקופים אלקטרונים מודרניים יש הגדלה מקסימלית של למעלה מפי 3 מיליון